El pequeño aeropuerto nacional de Sandakan está situado a 6 km del centro de la ciudad y a sólo 15 km de la famosa estación de rescate de orangutanes de Sepilok.
El aeropuerto es también un buen punto de partida para explorar la zona del río Kinabatangan o la popular isla de las Tortugas.
Los pasajeros se beneficiarán de una terminal pequeña pero moderna, espaciosa y muy bien distribuida, que cumple las normas internacionales vigentes.
La conexión más concurrida (varios vuelos al día) es con Kuala Lumpur, a la que vuelan tres compañías aéreas: AirAsia, Malaysia Airlines y Batik Air. El segundo destino más frecuente es Kota Kinabalu, la ciudad más grande de Sabah.
No hay vuelos internacionales directos a Sandakan.
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