Oficialmente bautizado con el nombre de Nikos Kazantzakis, el aeropuerto es el mayor de Creta. En la temporada de verano lo utilizan numerosos vuelos chárter, mientras que el resto del tiempo lo utilizan sobre todo vuelos procedentes de Atenas y otras ciudades griegas.

A primera vista, el aeropuerto de Heraklion es bastante anticuado y su confort no está muy en consonancia con el funcionamiento actual.

En 2017, se tomó la decisión final de construir un nuevo aeropuerto moderno, la fecha de finalización se retrasa constantemente y actualmente se espera que abra a finales de 2026/principios de 2027.

Como alternativa, el aeropuerto de Chania puede utilizarse para viajar al oeste de Creta.

De abril a octubre, el aeropuerto acoge a numerosas aerolíneas de toda Europa, con vuelos regulares y chárter que se dirigen a todos los rincones del continente.

Las redes de rutas más extensas desde Heraklion están operadas por las siguientes aerolíneas:

• Aegean Airlines: servicio todo el año varias veces al día a Atenas + vuelos directos de temporada en verano a toda Europa.
• Sky Express: vuelos todo el año a Atenas, Salónica y otras islas griegas + vuelos directos de temporada en verano a toda Europa.
• Jet2.com: el servicio más frecuente a muchas ciudades del Reino Unido
• Eurowings: vuelos a muchas ciudades alemanas
• Volotea: vuelos directos a Atenas, Italia y Francia
• TUI: numerosas conexiones con el Reino Unido, los Países Bajos, Bélgica y Alemania
• easyJet: vuelos a varias ciudades del Reino Unido, Francia y Suiza
• Wizz Air: vuelos regulares a Europa del Este
• Ryanair: número relativamente limitado de vuelos en comparación con otros, por ejemplo a Bérgamo, Viena, Berlín o Bruselas