El aeropuerto de Madeira sólo cuenta con una pequeña terminal, que está despejada pero puede estar abarrotada en horas punta. Se recomienda estar en el aeropuerto al menos 2 horas antes de la salida.

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Los mostradores de facturación y salidas están en la 1ª planta, las llegadas en la planta baja de la terminal.

El aeropuerto está abierto las 24 horas.

Un control de seguridad común a todos los vuelos conduce a la zona de tránsito. El control de pasaportes, desde el que se abren las puertas de embarque a los países no pertenecientes al espacio Schengen, se encuentra en la zona de tránsito.